Gmina Bakałarzewo leży w obrębie Pojezierza Zachodnio-Suwalskiego wchodzącego w skład makroregionu zwanego Pojezierzem Litewskim. Gmina Bakałarzewo leży w obrębie Pojezierza Zachodnio-Suwalskiego wchodzącego w skład makroregionu zwanego Pojezierzem Litewskim.
Teren gminy obejmuje fragment mikroregionu określanego jako Wyniesienie Oleckie - w zachodniej części oraz fragment mikroregionu określanego jako Pagórki Przebrodzkie - na wschodzie. Oba mikroregiony rozdziela przebiegająca z kierunku północno-zachodniego na południowo-wschodni rynna rzeki Rospudy. Podział administracyjny kraju sytuuje gminę Bakałarzewo w północnej części województwa podlaskiego. Graniczy ona z następującymi gminami: Suwałki, Olecko, Raczki, Wieliczki, Filipów.